清華科技園孵化器有限公司是清華科技園下屬的孵化器專業管理公司，是清華科技園內孵化器集群和專業技術平臺的管理經營者，成立于2001年3月15日。目前公司負責清華創業園、清華留學人員創業園、清華創業園生物孵化器、清華科技園公共測試平臺的日常運營管理。公司秉承清華大學“厚德載物、自強不息”的校訓，堅持“以人為本”的方針，遵從“搭建創新與創業的舞臺、鋪設機遇與成功的道路，架筑科技與經濟的橋梁”的使命。依靠國家有關政策，憑借清華大學智力密集和科技資源豐富的優勢，組合各類資源，營造科技成果轉化、技術創新和企業孵化成長的良好環境，竭力為入園企業發展提供服務，造就以高新技術企業群體為基礎的新的經濟增長點，孵化有自主知識產權產品的高新技術企業，培育懂經營、善管理的企業家。