20世紀末21世紀初，我國高教事業蓬勃發展,普通高等教育正由精英教育邁向大眾化教育，我省此時更是吹響了“建設經濟強省、文化大省、教育大省、中醫藥強省”號角。歷史機遇面前，學校新一屆領導班子解放思想、更新觀念、銳意進取，搶抓機遇，致力于尋找突破學校辦學空間狹小“瓶頸”的機遇。中山市擁有我省唯一的國家級健康科研產業基地，發展迅猛，催生了對醫藥科研成果轉化、醫藥人才培養的需求。為擴大我校辦學空間，同時以我校雄厚的教學、科研資源為依托，提升中山市人文素質和醫藥產業競爭力，促進區域經濟跨越式發展，優勢互補，2003年3月31日，學校校長朱家勇與中山市委書記陳根楷(時任市長)簽約創辦“廣東藥學院中山校區”。

中山校區是學院做大做強、實現辦學可持續發展的重要組成部分。校區占地2000畝。校區座落在中山市風景如畫的五桂山風景區。五桂山被視為中山市的南肺，山脈橫亙數十里，南臨珠海、北接中山城區，山綠水明，云白風清。校區三面環山，周圍山脈層巒疊嶂，自然環境得天獨厚。校區與中山市府相距7公里，校門與省道城桂路相連，交通便利。

校區的建設經費由學校籌集，5年多來投入近5個億，完成建筑面積近21萬平方米。

校區在專業設置上，以藥學、中藥學、食品、醫藥化工、醫藥貿易、醫藥信息工程等專業為主，校區現有藥學、中藥學、中藥資源與開發、中草藥栽培與鑒定、計算機科學與技術、信息管理與信息系統、食品科學與工程、食品質量與安全、公共事業管理、市場營銷、人力資源管理、化學工程與工藝等26個專業及其專業方向。學校新設二級學院食品科學學院、醫藥化工學院整體落戶中山校區。校區加強英語教學，培養外向型應用型創新人才，立足中山，為中山健康產業發展多輸送人才，服務全省，覆蓋全國，面向港澳臺和東南亞，逐步走向國際辦學道路。

校區現有本專科在校生9800多人，分屬藥科學院、中藥學院、醫藥商學院、信息工程學院、食品科學學院、醫藥化工學院6個二級學院。幾年來，校區共計為社會輸送畢業生4300多人，就業率在98%以上。由于學校、中山校區的辦學質量過硬、學生就業率高、社會聲譽好，校區的生源充足，本科招收的基本是**志愿報考中山校區的考生，專科專業更是高于省3A線數十分招收**志愿考生。校區每年劃撥50-100名專科生名額定向招收中山生源考生。學校繼續教育學院中山校區辦學點近年面向中山生源招生1000多人，為中山醫療衛生系統、醫藥產業企業從業人員總體素質的提高作出了貢獻。

校區實行由學校統一領導，延伸管理與屬地管理相結合，部門職能延伸，條塊結合的管理模式。教學管理方面，由學校實行“五個統一”管理：統一人才培養方案，統一教材，統一安排授課教師，統一學科專業規劃，統一管理。師資、圖書等資源實行四校區資源共享。校區在辦學思路、辦學理念、辦學體制、辦學模式和管理機制上不斷創新，科學配置辦學資源，注重內涵發展。學校、中山校區近年在異地辦學管理等方面作過許多有益的嘗試，推動了中山校區異地辦學管理的**開展，取得了很好的辦學效益。

校區離中山國家健康產業基地約二十公里，學校正加快與中山市政府等單位聯合組建華南現代中醫藥城體系，這都為校區走產、學、研相結合的路子提供優勢。學校、校區近年積極申報中山科技項目，其中12項獲得立項，立項經費160萬。校區正逐步加大科研的投入力度，資源共享型實驗中心的投入使用，新二級院系樓的建設及大批高級人才落戶校區，與中山共建“中山醫藥研究所”在校區的即將建立及科研項目的開設，將大大提高校區的科研能力，也將為中山市醫藥事業的發展提供有力支撐。

07年11月份，學校接受教育部本科教學水平評估期間，進駐校區的評估高度評價：校區管理模式科學合理，校區管理班子素質高，校園環境優美，教學條件完善，學生學風淳樸、好學上進、尊敬師長，管理人員精神飽滿，處處充滿了和諧;中山校區作為高校與地方政府聯合辦教育的成功例子，體現了中山市政府和學校領導的遠見，對地方和高校帶來了雙贏，為地方帶來了大學的引領和輻射作用，很好地發揮了高校為地方和社會服務的職能。

五年多來，校區成功的建立和穩步發展，在社會上、教育界、醫藥界產生較大影響，吸引了港澳臺人士、社會各界、眾多兄弟高校前來參觀交流，洽談合作。