南京高新技術產業開發區（以下簡稱“南京高新區”）是南京唯一的國家級高新區，承擔了園區的招商引資、規劃建設、企業服務等政府職能。2012年簡政擴園強園區后，園區管轄面積增加到160平方公里，其中已開發建設19.2平方公里，形成了車輛制造、軟件及系統集成、生物醫藥、新能源新材料等特色產業集群。未來3年，高新區將投資65億元，完成生物醫藥谷3平方公里研發區、軟件園西區2.2平方公里啟動區開發建設，同時拉開軟件園西區14平方公里、寧淮高速以西20平方公里產業區框架。
建區以來，南京高新區始終堅持走“高”、“新”之路，是南京高新技術企業密集的地區之一。園區擁有江蘇首創的南京軟件園、南京生物醫藥谷，江蘇早獲批的國家級動畫產業基地，全國**個中國南京留學生創業園。園區注冊企業中絕大多數為科技型企業，70%以上擁有自主知識產權。
“十二五”期間，南京高新區將堅持聚焦“人才**資源、教育**基礎、科技**生產力、創新**驅動力”戰略，全力建設自主創新示范區，力爭到2015年進入國家高新區**方陣，成為蘇南自主創新示范區、核心區，南京創新驅動引領區和江北經濟發展主引擎。