南通醫學院位于江蘇省南通市。南眺長江，東濱黃海，與上海市僅一江之隔。學校地處市中心風景秀麗的濠河之畔。東倚文峰公園，北與南通博物苑毗鄰。校園內綠樹成蔭，鳥語花香。院內6.6公頃的水面，波光粼粼，碧波蕩漾。長達1000余米的林蔭小道環繞水邊，與白墻紅頂的建筑樓群交相輝映，構成了美麗而幽靜的校園環境。學校被江蘇省命名為花園式學校，2001年被授予省級文明單位標兵。