清流中學地處人口密集的浦東新區上南新村，1990年在區重點中學上南中學原址上成立了公辦初級中學——上南二中，1993年更名為清流中學。老作家峻青先生曾為學校潑墨題詞：“一江春水在清流，一表人才出清流”，以勉勵清流師生勵精圖治，實干興校，精心育人，廣出人才。這始終鼓舞著清流中學的全體師生不斷進取，勇于創新。2001年5月，被市教委命名為上海市二期課改實驗基地。