學院以溫州醫科大學附屬第二醫院、附屬育英兒童醫院、浙江省立育英醫院為依托，實行“四塊牌子，一套班子”的管理方式，下設學院辦公室、教學管理科、學生工作辦公室。設有**醫學、學、中醫學、康復醫學四個本科專業及后期分流的兒科方向班，其中**醫學專業是國家一類特色專業和浙江省重點專業，也是我校招生設置早、招生數多、規模大的專業。擁有內科學、外科學、婦產科學、兒科學、危重病學、中醫學、康復醫學等19個教研室。擁有內科學、外科學、婦產科學、兒科學等16個碩士點和眼科學、外科學、婦產科學3個博士點。

學院院訓為“誠信、奉獻、求精、創新”。

溫州醫科大學第二**醫學院有浙江省兒童呼吸疾病診療研究中心和浙江省脊柱外科中心兩個省級醫療中心，溫州醫學院兒科研究所、骨科研究所、疼痛研究所、神經內分泌研究所設在本院，有7個省級醫學重點（扶植）學科、3個中醫藥重點學科和4個重點?？啤＝戢@得國家自然科學基金9項，獲得省自然等省部級課題37項，目前擁有正高職稱教師104人、副高職稱244人；具有碩士學位436人，博士學位35人；碩士生導師94名；博士生導師7名。
學院不斷拓寬和完善**實習基地的建設，已擁有臺州醫院、嘉興市**人民醫院、寧波市**人民醫院、上海交大醫學院附屬瑞金醫院等二十余所教學及實習醫院。學院承擔留學生、碩士研究生、在職研究生和五年制全日制本科生的**醫學教學任務。