秣陵中學創建于1952年10月，初創時借用龍都楊柳村朱氏莊園上課，故稱“江寧縣楊柳初級中學”。當時招收初一兩個班100名學生，并從江寧縣初級中學調撥初二一個班43名學生，校長由江寧縣教育科長嚴克群兼任，共有教職工15名。開辦不久任培源調入學校任教導主任，同時江寧縣政府決定選擇秣陵關橋北戲臺舊址籌建新校，并派學校總務主任王鑒非到秣陵關負責籌建。1953年4月陳木齋調入學校任校長，同年8月學校搬遷到秣陵關，定校名為“江寧縣秣陵關初級中學”。由于社會需要，原初二43名學生學校搬遷時提前畢業。1953年暑假招收初一4個班近200名學生。當時的祿口、秣陵、陶吳等小學、初中補習班調整合并到秣陵關中學，故初二有4個班約180名學生。學校除初建的校舍外，還征購和租賃了許多民房，作為學生和老師的宿舍。
　　到1955年學校占地面積逐步擴大到近百畝，有大操場、小操場、有池塘。用毛竹構建了草棚大禮堂，編織了竹籬笆圍墻。并在校內大興土木，建設包括教室、宿舍、實驗室等設施，為學校各項工作的開展提供了有利條件。
　　為了全面貫徹黨的教育方針，在陳木齋校長的領導下，組織開展了學科小組、文娛體育、勞動建校、勤工儉學等一系列活動。文娛活動轟轟烈烈，周末有晚會，有定期文娛表演；課外活動，球場上師生共打籃球，熱鬧非凡；操場上文體活動生龍活虎，舞蹈翩翩，歌聲飛揚。一片朝氣蓬勃的景象呈現在校園。建校時橋北戲臺拆除后，地面坑坑洼洼，遍地碎磚破瓦，經過兩年的勞動建校填平了地面，用磚鋪筑了四通八達的校園道路，種植了各種花草樹木，綠化、美化、香化了學校。在勤工儉學方面，開辟了養豬場、養雞場和蔬菜種植基地，這些養殖種植的收獲全部用于改善師生生活。
　　以教學為中心始終是任培源主任的主導思想，他嚴格要求自己，嚴謹治教。他十分強調教師的師德建設和表率作用，并嚴格予以要求。他對學生“良好的道德品質和嚴格的組織紀律”的培養和造就緊緊抓住不放。他組織教室開展一些列的教學活動和研究，教學成果非常顯著。1955年、1956年兩屆畢業生絕大多數考取了普通高中和中專學校，1956年還為江寧縣中、溧水縣中、句容師范免試保送了21名畢業生。
　　1956年任培源被任命為副校長，1957年陳木齋調秦淮中學任校長，他雖然離開了秣陵中學，但他為秣陵中學全面發展、校容校貌建設、校風教風學風建設做出了貢獻，為秣陵中學的以后發展奠定了基礎，鋪平了道路。
　　1958年曾設高中班，改校名為“江寧縣秣陵關中學”。裴全報調入學校任支部書記兼校長。裴校長是革命干部，他發揚了我黨的優良傳統，工作艱苦樸素，深入群眾，寬厚待人，并放手讓任培源副校長大膽工作。任培源是一位有才干的教育工作者，他組織和領導教師繼續深入地開展了教育研究，卓有成效地探討了“中小學教材銜接問題”、“開展智力，培養能力”諸多方面的問題，并親自參加教學實踐。在學科小組、文體活動、勤儉辦學、勤工儉學等方面，以裴校長為首的領導，繼承和發揚了陳木齋校長教育理念，在辦學治校中勇于實踐，善于研究，不斷創新，逐步摸索了一套艱苦奮斗，嚴謹治校，實事求是，遵循教育規律的農村辦學經驗。從1958年——1965年，這個時期的成果是輝煌的?！叭谩睂W生逐年增多，多的一年占全校學生總數的26.85%。1959年南京市統一考試，高、初中成績均獲得全市第二名。1960年全校種植面積達28畝，蔬菜產量高達772481公斤，飼養家禽6111只，養豬112頭，養魚5000尾。當時正值國家三年困難時期，市場蔬菜、魚肉供不應求，而學校師生生活自給有余，并支援了副食品市場的供應。由于平時持之以恒地抓體育活動，因此，體育成績也十分突出，在省、市、地區、縣運動會上學生宋益柱破全國少年男子60米記錄，魯步山平全國少年男子60米記錄。少年男子鉛球破鎮江地區記錄，男子跳遠**名，女子跳遠第二名，女子4×100米接力賽均破縣記錄。因為各方面成績優異，經南京教育主管部門考核驗收，被評為“南京市紅旗學?！薄ⅰ敖K省教育先進單位”，任校長出席了省、市文教群英會，《新華日報》報導了秣陵中學。兄弟學校、國際友人經常到校參觀。這個時期的秣陵中學是南京市教育戰線上的佼佼者，可謂萬綠叢中一點紅。
　　1966年開始的“文化大革命”十年動亂，教師遭迫害，教學秩序混亂，“三風”被破壞，教學質量無從談起。土地面積逐步縮小，大操場被侵占蓋政府辦公樓和大會堂，周邊群眾侵占蓋民房，后學校占地面積僅有36畝。學校改名為“江寧縣秣陵中學”。
　　1977年國家恢復了高考制度，學校教學秩序比較穩定，教學質量提升很快，高考升學率高的一年達到了67.56%（期中大部分是高中、中專）。從1985年開始學校領導更替頻繁，教師先后調出充實重點中學，教師素質下降。編制缺額，生源素質不高，教學質量下降，徘徊不前。
　　盡管秣陵中學屬于非重點高中，但各任領導任做了大量的工作，辦學條件得到了徹底的改善。就其教學質量而言，在全區同類型學校屬于中上等。學校先后被評為“江蘇省先進教育單位”、“江蘇省家長學校”、“**教科所德育研究先進學?！薄ⅰ澳暇┦袊澜逃冗M集體”、“江寧縣文明單位”。學校團委多次被評為市、縣（區）“紅旗團委”，游鈞老師被評為“南京市勞動模范”，周芷祥老師被評為“全國教育先進工作者”。
　　2000年江寧縣劃入南京市區，學校易名為“南京市秣陵中學”。進入21世紀以來，學校在藝術教育上有了顯著的成績，八年來共考取本科65名，?？?23名（其中大部分是美術專業）。2006年王小林調入學校任校長，他全面分析了秣陵中學興盛時期辦學經驗和特色，在科學發展觀的指導下，對在新形勢下的辦學目標，辦學理念和“三風”建設帶領一班人進行了深入的探討。確定辦學目標是：以人為本，重視質量，培養特長，看眼全面；“三風”建設是：校風：文明團結求實創新；教風：嚴情實活；學風：文明求實勤奮進取。為此，王小林校長帶領一班人深入教學**線，深入師生生活的管理**線。抓住機遇開展各種活動對學生進行道德規范教師師德規范教育，鼓勵師生頑強拼搏，為把秣陵中學辦出新特色作出新貢獻。在學校管理上開展人性化和制度化管理相結合。領導晝夜輪流值班，白天深入課堂了解教學情況，夜間深入宿舍，指導和支持管理員嚴格執行作息制度。有力克服學生夜間外出的惡習，使學校管理步入正軌。由于學校秩序謹然，教育、教學質量顯著提高。2007年高考升學率71%，2008年高考升學率84%，受到了家長和社會的贊譽。由此不懈努力，一個有新特色的秣陵中學一定會悄然而生。
　　秣陵中學建校半個多世紀以來，飽經滄桑，在50多年的發展中，前輩們的閃光思想和敬業精神為秣陵中學積淀了深厚的文化底蘊，幾代人的心血、汗水和智慧為社會哺育了一大批人才，他們中有學界名流金德華（清華大學教授）；詹世富（河海大學教授）；于本友（南理工大學教授），有醫學任振振（在美國）；有商界精英王寶富（在美國）；有高級將領王良旺（空軍副司令員、中將）；有政界領袖談太玉（國家體育局裝備處處長）；張連發（原南京市副市長）還有一批科技精英，體育健兒祖國衛士，以及奮斗在全國各條戰線上的分子。五十春秋花香四海，萬千學子業狀九州，足涉世界！